一般的なタンパク質アッセイ法は、タンパク質官能基とアッセイ試薬の化学反応や相互作用の結果として現れる、測定可能な発色現象に依存しています。しかし、発色現象と正確なタンパク質測定は、たとえ主要なアッセイ法を活用した場合でさえ、サンプル中に存在し得る特定妨害物質から干渉されやすいです。例えば、界面活性剤の多くは、Coomassie Dyeベースのアッセイによる正確なタンパク質定量を妨害します。かといって、薬剤を少量にすると、BCAタンパク質アッセイに干渉します。妨害物質を除去するには、トリクロロ酢酸（TCA）またはアセトンを用いて、選択的に タンパク質を沈殿させる方法があります。妨害物質を含む溶液の除去が済んだら、 アッセイ対応バッファ中へタンパク質を再可溶化します。タンパク質アッセイ測定のサンプル前処理を簡素化するには、市販キットをご利用ください。アセトニトリルを用いた沈殿処理によって、サンプル中の大きなタンパク質から小分子が分離することがあります。この沈殿法で96ウェル遠心フィルタープレートを活用すると、一度に多数のサンプルを処理できます。

タンパク質の精製や濃縮を行うには、イオン交換クロマトグラフィーという標準的な手法をとることもできます。イオン交換クロマトグラフィーでは、充填したカラム中へサンプルを通過させます。タンパク質表面の荷電基は、イオン交換支持体上に固定された逆荷電基と相互作用します。イオン交換の特性は、タンパク質の等電点（pI）に基づきます。タンパク質を含むバッファpH値がタンパク質pl値より高い場合、タンパク質は負の正味荷電を有し、正荷電支持体または陰イオン交換媒体へ結合します。バッファpH値がタンパク質pI値より低い場合、タンパク質は正の正味荷電を有し、負荷電支持体または陽イオン交換媒体へ結合します。結合バッファのpH値を変化させると、目的の結合タンパク質を溶出させることができます。タンパク質科学の最新プロトコル (1990年)。Supp.8.4, John Wiley & Sons, Inc.、このテーマに関する詳細に興味のある研究者に向けて、イオン交換クロマトグラフィーについて徹底的な議論を展開。

アフィニティー精製を実行するサンプル調製システムについては、アフィニティー精製に関する概要をご覧ください。アフィニティー精製を行うことによって、特定種の分子の精製（正の選択）や特定種の汚染物質の除去（負の選択）ができます。いずれの手法でも、通常はバッファ交換が必要になります。

タンパク質の分離と解析を行うには、ポリアクリルアミドゲル電気泳動の変性（SDS-PAGE）が、必須かつ標準的な実験手順とされています。しかし、SDS-PAGE解析においては、妨害物質が数多く存在します。妨害物質を含有するサンプルのSDS-PAGE解析において、サンプル処理速度を上げるには市販製品をご利用ください。高濃度の塩、グアニジン、尿素および非イオン性界面活性剤など、あらゆる化合物を迅速に除去できる製品が数多く販売されています。Thermo Scientific Sample Prep Kitは、有機相存在下で独自の支持体へタンパク質を結合させる働きをします。また、本キットはBCAタンパク質アッセイ対応のバッファ中に溶離した状態で提供されます。